根据2005年《崀山风景名胜区总体规划》，为对崀山风景名胜区进行有效保护，进而达到合理科学的利用，依据崀山风景资源价值和等级的不同，将其划分为一级保护区、二级保护区、三级保护区。 

一级保护区

风景区的精华地带，在风景区内综合价值最高，以奇特、雄伟、秀丽的自然景观为主，以保护其原始地质构造，地貌形态，植被生态的本来面目为宗旨。总面积为9.73平方公里，保护范围包括紫霞峒景区、天一巷景区、辣椒峰景区、天生桥景区、八角寨景区和夫夷江景区。

主要保护措施：

1、 严格保护原有地貌特征，使其处于自然状态，严禁一切形式的破坏活动。

2、 严格控制游人的容量，禁止突破环境承载力进行旅游接待活动。

二级保护区

风景游览区内除一级保护区外的区域。其综合价值略逊于一级保护区，以保护景观面貌的永久性、完整性为目的。面积约为48.09平方公里。

保护措施：

1、 禁止采石挖沙、埋坟建墓，对现有污染环境，有碍观瞻的建筑物、构筑物应逐步搬迁。

2、 不得开荒种地，加大退耕还林、还草的力度。

3、 严格保护河流水体。

4、 禁止任何形式的采伐树木，加强封山育林，禁止放牧。

5、 基础设施、观景建筑及游览设施，必须与景区风格相协调。

三级保护区

在风景名胜区内除一、二级风景名胜区外的其他区域，根据土地利用方式的不同和游览活动安排，可细分为山林生态复育区、农房建设与农业活动区、设施建设区。